Так называют состояние, при котором болезнетворный организм присутствует в теле человека, но при этом не активен: не размножается и не вызывает болезнь. В применении к ВИЧ-инфекции: хотя человек, зараженный ВИЧ, как правило, переживает период клинической латентности, когда заболевание ничем не проявляется, на самом деле вирус никогда не бывает по-настоящему латентным. Даже на ранних стадиях заболевания ВИЧ активен в лимфоидных органах, где большие количества вируса захватываются сетью фолликулярных дендритных клеток. Вокруг находится много клеток CD4+, которые подвергаются заражению. Частицы вируса накапливаются как в инфицированных клетках, так и в свободном виде.